L’Agence de l’Eau Seine-Normandie est un des principaux partenaires financier et technique du Syndicat. En effet, son rôle est de financer des ouvrages et actions contribuant à préserver les ressources en eau et à lutter contre les pollutions et d’accompagner des projets et maître d’ouvrage allant dans ce sens.

Il s’agit d’un établissement public placé sous la tutelle du « Ministère de l'Ecologie, du Développement durable et de l'Energie » et celui de « l'économie, des finances et de l'industrie ». Son territoire de compétence est le bassin hydrographique de la Seine et les fleuves côtiers normands.